شرکت هواپیمایی زاگرس در سال ۱۳۸۴ با ثبت در منطقه آزاد اروند و با ورود دو فروند هواپیمای توپولوف فعالیت خود را آغاز کرد و در سال ۱۳۸۶ با ورود دو فروند هواپیمای بویینگ MD رنگ و بویی دیگر گرفت. اولین پرواز بین المللی زاگرس در سال ۱۳۸۷ با پرواز در مسیر تهران – دمشق انجام شد.
این شرکت توانست در مدتی کوتاه، با افزایش تعداد هواپیماهای ناوگان خود نامی شایسته در میان شرکت های مطرح و رو به رشد کشور به دست آورد و سهم به سزایی در حمل و نقل هوایی کشور را عهده دار شود.
زاگرس با دریافت گواهینامه Part 145 و Part M در بخش مهندسی تعمیرات هواپیما و ساخت کیترینگ مجهز به دستگاه های پیشرفته و مطابق با استانداردهای روز، گام های رو به رشد خود را در جهت ارتقای خدمات پروازی برداشته است. همچنین با استفاده از استانداردهای کیفی و ایمنی بالا و به کار گیری نیروی انسانی متخصص و مجرب در برقراری پروازهایی ایمن و مطمئن تلاش نموده است.
ناوگان هواپیمایی زاگرس در حال حاضر دارای ۱۹ فروند هواپیما، شامل ایرباس321 ، ایرباس 320، ایرباس 319 و بویینگ ام دی است و با ارایه بیش از ۳۴۰۰ صندلی، آماده پرواز در کلیه مسیرهای داخلی و بین المللی می باشد. این شرکت توانسته است با رشد ۳۵ درصدی مسیرهای پروازی داخلی و خارجی و رشد ۷۵ درصدی مسافران، پذیرای جابجایی بیش از ۴ میلیون مسافر در یک سال اخیر باشد